约在三千万年以前，人类处于超古代文明时期，守护人类的巨人们发生内战，原是地球最强的黑暗战士迪迦在受幽怜的感动后选择成为光之战士，使其黑暗力量长眠。奇杰拉花朵盛开，人们全部都陷入了因奇杰拉的花粉而产生的幻觉，认为已不再需要巨人。光之巨人不能干涉人类的选择，于是巨人把自己战斗的躯体隐藏在金字塔后，化作光离开了地球。邪神加坦杰厄带着毁灭的黑暗降临，超古代文明毁灭。21世纪初期，地球不再有侵略和战争，人类期盼已久的和平终于到来了。地球防卫军（UNDF）也因此完成了历史使命，TPC( 地球和平联合组织) 成立，人类迎来了新的时代。但是，如超古代警卫团团长幽怜所预言："哥尔赞"及"美尔巴"出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了3座巨大的石像。2座巨石像被怪兽摧毁！在这紧要关头，因为继承了超古代战士的基因，大古和金字塔的迪迦石像结合在了一起，并融身于剩下的石像内。由此，迪迦苏醒了！

主人公朝仓陆有一天入手了捷德升华器与奥特胶囊，得到了FUSION RISE（融合上升）变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。

该作讲述的是兄弟两人哥哥凑活海、弟弟凑勇海获得了罗布回旋闪光与罗布水晶，分别变身为充满火元素之力的罗索奥特曼，以及充满水元素之力的布鲁奥特曼，并与敌人展开战斗的故事。

像散落在宇宙的玩偶，变成流星降落到地球上…… 随着时间流逝，现代。被命运选择的少年·礼堂光，得到了不可思议的“银河火花”。 那些变小了的怪兽和奥特战士再次被神秘的物体变回了原来巨大化的姿态。 同时又突然出现了凶恶怪兽和宇宙人！巨大大的黑暗力量开始涌动。 为了保护人类，小光用银河火花的力量将怪兽和奥特战士的玩偶和“ウルトライブ”一体化。于是新的奥特曼登场！

很久以前，魔王兽在地球上出现，做尽一切的破坏。以奥特曼及迪迦的奥特英雄们将魔王兽封印，令地球恢复了和平。时光流逝——。为了从魔王兽的复活中保护地球，从银河的远方来到地球的光之战士，欧布奥特曼。在地球上自称红凯，作为流浪青年无定向及持续地漂泊旅行。红凯为了打倒复活的魔王兽，将昔日奥特英雄们封印魔王兽并留下来的力量以“欧布圆环”卡片化，以此来获得“奥特融合卡”。

由于太阳发射的超级耀斑导致在地球地底和海底的火花人偶熔铁怪兽迪玛伽复活，“特殊防卫队”队员大空大地在战斗中听到了迷之声音，此后与神秘之光结合而成为了“艾克斯奥特曼”……

九重天危机后，世界又恢复了一派安宁景象。当今社会，手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品，网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中，忽略现实生活，导致生理、心理疾病，甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾，也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球，散播黑晶，黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里，吸收能量后吞噬屏幕面前的人，使普通人变成黑士兵，而一些沉迷网络，或有网络恶习的人变成机械兽。

神兽金刚打败黑暗大帝，再次将其冰封之后，人类恢复了平静的生活。令人没有想到的是，新的黑暗力量正悄然向地球侵袭，乘其不备发出第一弹，突如其来的蜈蚣机械兽对城市进行大肆破坏，危机时刻，全新地兽战队炫丽登场，打败机械兽，拯救人类于水深火热，黑暗势力被突如其来的变故所激怒，誓要铲除地兽战队，消灭地球一切反抗力量。与此同时，长城科学院被毁、天神战队下落不明、黑暗大帝之死，接踵而来的谜团逐一揭开新黑暗力量的神秘面纱……

平衡的九重天塌陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解救危机，神兽战队艰难与之抗争，得到希望元神的认可，获得力量，勇闯九重天，经历奇幻冒险和重重考验，凭借坚强意志和内心正义，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。